Zaparcia mogą mieć wiele przyczyn. Zdarza się, że są wynikiem niektórych chorób, np. stanów zapalnych w obrębie jelit, ich wrodzoną nieprawidłową budową, stwardnieniem rozsianym, niedoczynnością tarczycy, depresją lub cukrzycą. Jednak zazwyczaj problem zaparć jest spowodowany niewłaściwymi nawykami żywieniowymi i złym stylem życia.